1992 yılında Dokuz Eylül Üniversitesi, Müh. Mim. Fak. Jeoloji Mühendisliği Bölümü Lisansını, 1995 yılında Dokuz Eylül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Uygulamalı Jeoloji Anabilim Dalı Yüksek Lisansını, 2000 yılında ise aynı üniversitede doktora eğitimini tamamladı. 2001 yılında Yardımcı Doçent Doktor, 2006 yılında ise Doçent Doktor olarak Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Müh-Mim. Fak. Jeoloji Mühendisliği Bölümünde görev yaptı. 2003 yılında Birleşmiş Milletler Üniversitesi (İzlanda), Jeotermal Enerji Programında ve 2005 yılında Wayne State Üniversitesi (USA), İnşaat ve Çevre Müh. Bölümü araştırmacı olarak bulundu. 2009-2013 yılları arasında ise İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü, Mühendislik Fakültesi, İnşaat Mühendisliği Bölümünde Doçent olarak görev aldı. 2012 yılında Toronto Üniversitesi (Kanada), Çevre Bilimleri Bölümünde misafir öğretim üyesi olarak bulundu. 2012-2013 yıllarında İzmir Ekonomi Üniversitesi, Sürdürülebilir Enerji Bölümünde yarı zamanlı öğretim üyesi olarak görev yaptı. 2013 yılından bu yana, İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü, Mühendislik Fakültesi, İnşaat Mühendisliği Bölümünde Profesör Doktor olarak çalışmaktadır.
Prof. Dr. Alper Baba 2004 yılında, TMMOB Jeoloji Mühendisleri Odası tarafından verilen Altın Çekiç Araştırma Ödülünü (Uygulamalı Jeoloji Dalında), 2004 ve 2005 yıllarında ise TÜBİTAK tarafından verilen AB Altıncı Çerçeve Programı Proje Önerisi Özendirme Ödülü ve 2007 yılında TÜBA-GEBIP ödüllerini aldı.
Prof. Dr. Alper Baba’nın Uluslararası Atıf Endeksleri kapsamındaki dergilerde basılmış çok sayıda makalesi ve uluslararası konferanslarda sunulmuş çok sayıda bildirisi vardır. Ayrıca, editörlüğünü yaptığı üç adet uluslararası kitabı ve uluslararası on kitapta birer bölümü bulunmaktadır.